Abside di sinistra
Si tratta di un rifacimento ottocentesco dell’originaria cappella della Natività. Qui nel 1827 fu eretto l’altare maggiore su disegno dell’architetto Giulio Aluisetti. Sulle pareti dell’abside troviamo cinque teleri eseguiti tra il XVII e il XVIII secolo, raffiguranti: una Madonna con bambino con i santi Francesco e un vescovo; una Madonna con bambino e una santa agostiniana; Il beato transito di san Giuseppe; un Cristo in Gloria con santi e una Vergine con sant’Anna e Gesù bambino.
Abside di destra
È identificabile con l’antica cappella dedicata all’Annunciazione realizzata e decorata per volere di Cristoforo de Ferrari nel 1471. Della decorazione dell’epoca non resta che un piccolo brano riconducibile all’ episodio della Natività di Maria.
Sulle pareti possiamo notare alcuni brani dei dipinti murali eseguiti nel seicento, tratti dall’agiografia di san Nicola da Tolentino ed attribuiti alla famiglia di pittori Crespi Castoldi.
Di particolare interesse è il pregevole Crocefisso, purtroppo mutilo delle braccia.