Cappella detta della “Sacra Famiglia”
Dal XV secolo questa chiesa divenne luogo di sepoltura di casate gentilizie legate agli Sforza.
In questa cappella laterale vi sono custoditi i monumenti funebri di alcuni esponenti della famiglia Bossi: una in ricordo di Matteo e Polissena Bossi (1497 – 1500); un’altra in memoria di Giovanni Antonio Bossi e sua moglie Angela Barzi (1526). Una terza lapide ricorda il condottiero Antonio Landriani assassinato nel 1499.
Cappella del “Sacro Cuore”
Prende il nome dall’altare ivi eretto. Di particolare interesse è la lastra tombale dell’arcivescovo di Milano, Gabriele (Carlo) Sforza, pastore dal 1454 al 1457, un tempo posta a livello della pavimentazione nella navata centrale.
Cappella detta “dei Mercalli”
Qui, nel giugno del 1966, vi furono traslate le salme di mons. Gaetano Mercalli (1856 – 1934) prevosto dell’Incoronata, e di suo fratello sacerdote e professore Giuseppe Mercalli (1850 – 1914) celebre scienziato, ideatore della Scala sismica che porta il suo nome.
Vi sono anche le lapidi funerarie di altri esponenti della famiglia Bossi: una lapide in ricordo del consigliere ducale Luigino Bossi del 1453 e una a Giovanni Bossi (1492) entrambe poste da Matteo e Polissena Bossi.